Een van de vragen die een aquaponics-beginner vaak stelt bij het plannen om zijn eigen aquaponics-systeem te bouwen, is:wat is de verhouding vis tot plant in aquaponics? Er zijn bepaalde verhoudingen tussen de grootte van de biofilter, plantdichtheid, en visbezettingsdichtheid voor aquaponics. Het is een uitdaging om boven deze vastgestelde verhoudingen te opereren zonder desastreuze gevolgen voor het hele aquaponics-ecosysteem te riskeren. Echter, gevorderde aquaponicstelers worden uitgenodigd