Sint-jakobsschelpen geven de voorkeur aan schone, stevig zand, fijn grind of zandig grind, soms met een mengsel van modder. Dit is hun natuurlijke habitat. Ze zullen alleen overleven op fijne sedimenten op voorwaarde dat de huidige snelheden redelijk laag zijn om verstoring van het sediment te voorkomen, die de sint-jakobsschelpen zouden kunnen verstikken, als ze werden gedekt. Harde sedimenten zijn ongeschikt, omdat de sint-jakobsschelpen zich niet voldoende kunnen begraven om predatie te voork