Het gebruik van pesticiden in aquaponics is een zeer gevoelig onderwerp, en we hebben zowel de goede als de slechte kant gezien van het gebruik van pesticiden in aquaponic-systemen. Er zijn veel meningen over het gebruik van pesticiden, allemaal met verschillende gradaties van geldigheid. Het maakt niet uit wat ze zeggen, echter, al deze meningen komen neer op één enkel feit: Chemische plaagbestrijding in aquaponic-systemen moet oordeelkundig worden benaderd, bedachtzaam en voorzichtig, of